O Colégio Nossa Senhora das Mercês de Niterói, a pedido do Arcebispo Dom José Pereira Alves, iniciou suas atividades em 1º de fevereiro de 1933 na Alameda São Boaventura, 296, no Fonseca – Niterói. Fundado por seis Irmãs Mercedárias, tinha como objetivo principal, levar o carisma mercedário na missão educativa.

Ingressa na Congregação das Irmãs Mercedárias, a primeira Irmã brasileira, Irmã Mercedes, tornando-se futuramente uma das Diretoras do Colégio.

O colégio começou com Curso de Jardim de Infância e Primeiro Ciclo Ginasial. Fiéis ao Padre Zegrí, “ensinar mais com exemplos do que com palavras”, as Irmãs começaram a chamar a atenção pela metodologia empregada. O número de alunos aumentou rapidamente e, depois de três anos, mudou-se para a Alameda São Boaventura, 297, onde está localizado até hoje.

No início o Colégio funcionava em regime de internato para meninas, mas com o passar dos anos e o desenvolvimento social, além de outros fatores, esse sistema deixou de existir.

Em 1971, a Madre Maria Victória Sáenz Corera, após uma administração de 40 anos, passou o cargo de direção do Colégio para Irmã Maria da Glória de Almeida Baptista Pereira, já citada Irmã Mercedes.

No decorrer da década de 70, o Colégio passou a oferecer os seguintes cursos: Pré-Escolar, Primeiro Grau e Segundo Grau, na modalidade do Curso Científico ou do Magistério.

Também fizeram parte da Direção do Colégio as seguintes Irmãs:

1981 – Irmã Maria Elena Garcia Sáenz

1983 – Irmã Manuela Suárez Fernándes

1984 – Irmã Maria das Graças Coelho Alves

1987 – Irmã Maria Antonia Alves de Figueiredo

2002 – Irmã Jussara Alves Raymundo

No ano de 2019, as Irmãs Mercedárias da Caridade iniciaram o processo de unificação de três colégios geridos pela ABMSA – Associação Beneficente Mercedária Santo Antônio, com o objetivo de consolidar a oferta de uma educação acadêmica de qualidade, permeada pelos valores do Carisma Mercedário. Uma educação que valoriza a cultura, o esporte, a dança, a música, a ecologia, a cidadania, a fraternidade e a religiosidade.

A Rede Mercês de Educação, é formada pelas três unidades: Colégios Nossa Senhora das Mercês de Niterói e de Nova Friburgo e Instituto Santo Antônio na Pavuna, tendo como Diretora Geral, Irmã Edna Maria Furtado